崇祯先逼周后自杀，周后伤心痛哭：“妾事陛下十八年，卒不听一语，今日同死社稷，亦复何恨。”说完自身亡。崇祯又下令后宫嫔妃和懿安太后自尽，等到太监复命“娘娘领旨。”崇祯又叫来太子、定王、永王。崇祯安顿完三位儿子后，让他们易装出了宫城。处理完三个儿子的事情，崇祯在往坤宁宫的路上遇到十六岁的长平公主，崇祯对他说：“尔何为生我家。”挥剑向她砍去，长平公主用手臂一挡，手臂被斩断，立刻昏了过去。崇祯也没有再理长平公主，在王承恩的陪同下，来到煤山，上吊自尽。而王承恩也随之自。
三月十九日，李自成率领大军进入内城，太监王德化率领内宫残存三百人在德胜门迎接闯王，太监曹化淳引导李自成从西长安门进入大内。李自成进入大内后，知晓崇祯、太子、二王下落不明，立即榜悬赏。
突如其来的政治变故，让大明官僚迅瓦解，有一小部分崇尚传统士大夫气节的大臣选择了杀身成仁的归宿，其中皇亲国戚六人，大臣二十一人。这些人难免有些愚忠的思想，但他们那种视死如归的气节还是让人感动的。但更多的人选择了投降的卑劣行径，共有一千二百多大明官员投降。
李自成入京后，崇祯皇帝的三个儿子很快就被抓住。这三个孩子皆着民间破烂衣服，帽子上与绝大多数北京市民一样，贴“顺民”二字。
李自成本人没儿子，看见这三个眉清目秀的玉孩儿，心中不由自主生出怜爱，安慰他们说：“你们今日即同我儿一般，不失富贵！”他立刻唤人为他们换上新衣。
这几个孩子智商很高，但自他们幼长于深宫，没有经历过世事，说话口无遮拦，回答李闯问话时，言及农民军，还一个一个“贼”字。对此，李自成也不怪。
李自成问太子朱慈烺：“知道你父亲的事情吗？”
太子答道：“知道，父皇已经崩于寿宁宫。”
李自成又问：“知道你们老朱家为什么失去天下吗？”
太子答道：“知道，父皇误用庸臣，而文武百官都为私利争斗，枉顾国事。”
李自成闻言笑道：“原来你也明白这个道理。”
太子可能是平日听左右儒士教诲，恨恨地说：“满朝文武官员无情无义，很快就会来向您朝贺求官。我现在只求你不要杀害我家人、不要毁坏我祖先的陵墓、三不要杀害百姓。”
李自成闻言，若有所思的点点头。对于明朝官员的贪腐，他本人感触自然不浅。崇祯帝太子之言，无形之中又加深了他对明朝官吏的憎恶。有了这种恶意，加上刘宗敏等诸将的贪婪，才最有可能是导致紧接而至的对明朝北京大官们的“追赃”拷掠的起因。
三月二十二日，太监在煤山现崇祯尸体，用门板将崇祯的尸体从煤山抬了下来，与周后的尸体一起停放在芦棚之中，可叹一国之皇上、皇后死之后，死后竟然受到这样的待遇。不久，这些太监又受命将崇祯和周后的尸体用柳木棺材安放，枕头竟然是土块。大臣中前往哭临的不过二三十人，不少昔日的大臣，对帝后的灵柩根本就不屑一顾。反倒是作为反叛势力的李自成，却能遵循传统礼仪，人情世故，下令以皇帝和皇后的规格将崇祯皇帝和周后下葬。
相比朱棣纂位后建文帝诸臣的殉难，崇祯一朝不是太多，仅仅三十多位臣子，且多为文人士大夫。但这些人的殉节之烈，不愧前人。世臣戚臣方面，宣武伯卫时春、新乐侯刘文炳、驸马巩永固，或阖门**，或全家跳井；文臣方面，推大学士范景文，他在壁上大书“谁言信国(文天祥)非男子，延息移时何所为”后，毅然投井自杀。户部尚书倪元璐，自缢殉国。状元刘理顺，闻贼入城，书绝命辞云：“成仁取义，孔孟所传。文山践之，吾何不然！”一家十八口阖门自缢。左都御史李邦华(劝阻崇祯帝南逃那位)，在阁门上大书：“堂堂丈夫，圣贤为徒。忠孝大节，之死靡他”，仰药自尽。太常寺少卿吴麟征，一直在城上指挥守卫，城陷后上吊自杀。农民军兵士久闻其名，过其门而不敢入内抢劫，叹赞：“好男子，真忠臣也！”户部给事中吴甘来，题诗堂上：“到底谁遗四海忧，朱旗烈烈凤城头。君臣义命乾坤晓，狐鼠干戈风雨秋。极目山河空泪血，伤心萍浪一身愁。洵知世局难争讨，愿判忠肝万古留！”引佩带自缢于室。兵部主事金铉，投河自尽。其母、妻闻之，泣言曰：“我等为命妇，焉能辱于贼手！”相继投井而亡。其弟殡敛母兄嫂尸之后，亦投井而死……；可称的是，城破国亡之际，紫禁城内宫女自杀者数百人，赫赫烈烈，直让成千上万降臣羞死！
李自成命人遍索皇宫，现大内府库中只有黄金十七万，白银十三万，骇异之下，失望至极。本来，他“建国”之后当大赏将士，如今金银缺少，如何是好！
李自成回想崇祯太子一番话，又有刘宗敏等人窜掇，李自成下令“追赃”。由于官员太多，刘宗敏自己所住的大王府容纳不下，便把其余诸人转送至贼将田虎和李遇的府中。
一时之间，棍杖狂飞，炮烙挑筋，挖眼割肠，北京城内四处响起明朝官员的惨嚎之声。同时，城中富民不少人也被当作“前朝的犯官”加以拷掠，平民的薪米尽被农民军抢掠以供军用。城内饿尸遍地。
追赃之际，官员中遭掠死的，竟然是率京营三大营兵士在北京城外最早投降的明朝国戚、襄城伯李国桢。这个贼臣是崇祯帝末期最受宠信的臣子。平日别的大臣跪禀事议，惟他一人洋洋站在皇帝身边，殊无人臣礼仪。所以，从崇祯帝一直以来信用的诸人名单，就可以看出明朝不可救药：温体仁、周延儒、陈演、魏藻德、李建泰、李国桢。
刘宗敏先刑拷于他，小火燎烧，大板痛砸，折磨一夜，终于让李国桢极痛而死。这还不算完，农民军士兵闯入其家，几百人**了李国桢的老婆和宅子中所有的妇女，然后把李国桢老婆赤条条抱于马上，在大街上边走边喊：“都来瞧都来看，这就是襄城伯李国桢的夫人！”士兵们边呼边大笑，掐乳捅阴，“无辱甚于此者。”
陈演是“前大学士”，三月初因谎报战功罢相。他本来想逃离北京，家产太多未果行。听说大顺军索银，他主动先向刘宗敏送去白银四万两。老刘喜其“慷慨”，没有立即对他加刑。稍后，其家仆告，说他家中地下藏银数万。农民军掘之，果然遍院子土下全是白银。
刘宗敏大怒，开始大刑伺侯，刑求得黄金数百两，珠珍成斛。即使如此，李自成从北京临走前，仍把陈演与一帮勋戚大臣皆斩。